मध्य युग में, फ्रीमेसन का क्रम बहुत व्यापक था, इसमें सबसे उन्नत दिमाग शामिल थे जिन्होंने 17 वीं शताब्दी में समाज का नेतृत्व किया: बकल, बेकन, लाइबनिज़, जान कॉमेनियस, शाही खून के व्यक्ति। राजमिस्त्री का लक्ष्य, उनके कथनों के अनुसार, सभी मानव जाति के लिए आध्यात्मिक लाभों को ले जाना और संरक्षित करना है। आज इस आदेश में हजारों लोग भी शामिल हैं। प्रसिद्ध मेसोनिक रहस्य इस समुदाय की पहचान थे।
फ्रीमेसन के चार्टर में परिवर्तन 1717 में हुआ जब फ्रीमेसनरी "सट्टा" (या "दार्शनिक") बन गया। भाईचारे के सभी सदस्यों को कुछ शब्द, संकेत और हाथ मिलाने को गुप्त रखने का आदेश दिया गया था, उन्हें उनका सम्मान करना था और उन्हें सार्वजनिक रूप से दिखाने से बचना था। समय के साथ, रहस्य पंथ का एक अभिन्न अंग बन गया, और 1730 में कई रहस्यों के प्रकाशन के बावजूद, फ्रीमेसन ने अपने चार्टर का सम्मान करना बंद नहीं किया।
फ्रीमेसन के मुख्य रहस्यों में से एक समाज (लॉज) में नए सदस्यों को स्वीकार करने का असामान्य और बहुत ही जटिल समारोह था। आंखों पर पट्टी बांधकर, "आम आदमी" को एक निश्चित स्थान पर लाया गया, जहां लॉज के बाकी सदस्य पहले ही इकट्ठा हो चुके थे। खुदे हुए संकेतों पर कदम रखते हुए (उनका अर्थ आदेश में शामिल होने के बाद ही सामने आया था), वह शपथ के पाठ को गंभीरता से पढ़ता है। विश्वासघात या एक रहस्य के प्रकटीकरण की स्थिति में, वह अपनी आत्मा को शाश्वत विनाश के लिए, और उसके शरीर को भाइयों की तलवार से मौत के घाट उतार देता है। नए सदस्य को एक सफेद चमड़े का एप्रन, राजमिस्त्री के भाईचारे का प्रतीक, पुरुषों की मिट्टियाँ और एक चांदी के रंग से सम्मानित किया जाता है - अब से उसे "मानवता के महान मंदिर का निर्माण" करने के लिए कहा जाता है।
अलग-अलग लॉज के लिए समारोह थोड़ा अलग हो सकता है - गुप्त संकेत, गुप्त शब्द, मूर्तियों को प्राप्त सदस्यों को पारित किया गया था, उन्हें टैटू मिला था जिससे अन्य राजमिस्त्री उन्हें पहचान सकते थे। इससे भी अधिक गुप्त और अल्पज्ञात उच्च डिग्री में दीक्षा का समारोह था - सामान्य तौर पर, फ्रीमेसोनरी की पदानुक्रमित सीढ़ी में 33 चरण थे।
मेसोनिक आदेश का सिद्धांत गोपनीयता पर आधारित है। आधुनिक फ्रीमेसनरी खुद को काफी मजबूत मानता है, इसलिए साजिश की आवश्यकता नहीं देखता है, लेकिन सामान्य जागरूकता गुप्त कार्य, छिपी हुई फ्रीमेसनरी को कवर नहीं कर सकती है। लॉज में शामिल होने के समारोह में चुप रहने की कसम खाने के बाद, लॉज का एक सदस्य अब उच्च सदस्यों के सभी आदेशों को पूरा करने के लिए बाध्य है।
विद्यार्थी को मित्र के कार्य के बारे में कोई जानकारी नहीं होती है, जो बदले में गुरु के लक्ष्यों और कार्य के बारे में कुछ नहीं जानता है। चेले लॉज के कुछ ही सदस्यों को जानते हैं, बाकी उनके लिए अज्ञात हैं। इसी तरह, गुरु अपने तत्काल श्रेष्ठ को जानता है, और बाकी को नहीं जानता (हालांकि, शायद, वे उसके बगल में रहते हैं)। ऐसी गुप्त समाज व्यवस्था पदानुक्रम के सभी स्तरों पर कार्य करती है। ऊपर से दिया गया आदेश गुप्त और गुप्त रूप से किया जाता है।
राजमिस्त्री, जो निचली सीढ़ियों पर होते हैं, केवल निष्पादक की भूमिका निभाते हैं। पिरामिड के शीर्ष पर मुख्य रहस्य छिपे हुए हैं - केवल मेसोनिक लॉज के अनुयायी और राजकुमार ही उन्हें जानते हैं। वे अकेले ही आदेश के वास्तविक लक्ष्यों को निर्धारित करते हैं - और बाकी सभी पर शासन करते हैं। पवित्र ज्ञान इतनी सावधानी से दूसरों से छिपाया गया था कि पिछली शताब्दियों के कई रहस्यों को आज सीखना संभव नहीं है।